Курочкин, как член центрального комитета, не мог, разумеется, не принимать участия во всей этой работе. В агентурном донесении, полученном петербургским обер-полицмейстером И. В. Анненковым в апреле 1863 г., позиция Курочкина в «Земле и воле» охарактеризована как «крайняя». Здесь читаем: «Курочкин отправил письмо в Лондон. Он жалуется русскому комитету в Лондоне на петербургский комитет и на главную Земскую думу за то, что они, во 1-х, действуют чрезвычайно медленно, во 2-х, за то, что петербургский комитет не стал весеннюю прокламацию распространять в Петербурге, дабы отклонить тень подозрения, что она печаталась здесь, и, в 3-х, за то, что великорусская партия мешает и сдерживает крайнюю партию» .
Еще в 1862 г. Курочкиным начинают усиленно интересоваться полицейские органы. В марте этого года у него был произведен обыск в связи с напечатанием и распространением портрета М. Л. Михайлова, на котором он изображен в тот момент, когда его заковывают в кандалы в Петропавловской крепости; согласно донесениям агента III Отделения, портрет этот нарисовал М. О. Микешин, «а Курочкин продавал в Шах-Клубе, но это пока еще трудно доказать». За ним было установлено секретное наблюдение — до нас дошли два донесения агента III Отделения, относящиеся к лету 1862 г. В одном из них, за несколько дней до ареста Чернышевского, Курочкин был охарактеризован как его «большой приятель». В следующем, 1863 г. у Курочкина снова сделали обыск. И. В. Анненков в своем отношении к управляющему III Отделением А. Л. Потапову, перечисляя лиц, которые в последнее время «наиболее обращали на себя внимание вредным направлением», первым назвал «редактора и издателя газеты „Искра“ Курочкина». Непосредственной причиной обыска были полученные Анненковым сведения, что выпущенная «Землей и волей» прокламация «Свобода» (№ 2) «положительно исходит из кружка Благосветлова и Василия Курочкина» и что «готовится новое воззвание, которое должно появиться в первых числах августа». В типографии Г. Е. Благосветлова, книжном магазине П. А. Гайдебурова и редакции «Искры» должна была, по его предположению, «сосредоточиваться главная деятельность тайных обществ». В отобранных у Курочкина бумагах не оказалось ничего особенно предосудительного, и никаких последствий для него обыск не имел.
С октября 1865 г. Курочкин, как и ряд других писателей революционного лагеря и представителей демократической интеллигенции, «по поводу заявления… учения своего о нигилизме», был отдан под постоянный и «бдительный» негласный надзор полиции. Разумеется, Курочкин возбуждал особый интерес властей предержащих и своими связями с революционными кругами, и как редактор вызывавшей их злобу и негодование «Искры».
После каракозовского выстрела Курочкин был арестован и просидел в Петропавловской крепости свыше двух месяцев. Сподвижник назначенного председателем следственной комиссии М. Н. Муравьева П. А. Черевин, вспоминая о 1866 г., писал, что Муравьев «в лице Чернышевского, Некрасова, Курочкиных и др. объявил войну литературе, ставшей на ложном пути». Весьма показательно, что братья Курочкины названы рядом с Некрасовым и Чернышевским как наиболее заметные и опасные для самодержавия революционные писатели и журналисты. Полицейский надзор был снят с Курочкина только в 1874 г., через год после прекращения «Искры» и за год до его смерти.
Работа в обстановке непрерывных цензурных преследований, при твердом решении не сдавать революционных позиций, подтачивала силы. С начала 1870-х годов бороться с цензурой стало невмоготу. Вспоминая о своей встрече с Курочкиным в 1871 г., после шестилетнего перерыва, П. Д. Боборыкин писал: «Я помнил его еще очень свежим, с мягкими блестящими глазами и благообразной бородой, с некоторым изяществом в туалете и с той особенной бойкой посадкой, какую тогда, т. е. в начале шестидесятых годов, имели люди, веровавшие в свою прогрессивную звезду. А тут мне пожимал руку человек уже далеко не свежий, с сильной проседью, с тревожным взглядом, с несколько осунувшимся лицом и слабым голосом, довольно небрежно одетый».
В 1873 г. «Искра» была закрыта правительством. Для Курочкина это был тяжелый удар. После прекращения журнала, последние два года своей жизни, он «выглядел совсем надломленным человеком. В нем оставалась лишь тень того, что жило в нем во дни оны… В речах Курочкина и в его сухом отрывистом смехе звучала угрюмая, нехорошая нота. Он был рассеян, желчен, недоволен». Вместе с тем, по словам другого современника, «иногда он, оживясь, рассказывал про свою прежнюю жизнь, про блестящую пору „Искры“, про писателей, которых он знавал. С большою любовью и уважением вспоминал он про Т. Г. Шевченко, с которым сблизился в 1860 г., и про Добролюбова. Об этих двух личностях он говорил мне с чисто юношеским восторгом и со сверкающими глазами. „Вот были люди! — восклицал он. — Ну где вы теперь таких найдете? …Перед памятью Добролюбова он благоговел“».
Курочкину, который был в «Искре» полным хозяином, приходилось теперь, при сношениях с разными редакциями, переживать подчас тяжелые минуты. Когда он вскоре после прекращения «Искры» передал свой перевод поэмы А. Виньи «Гнев Самсона» в «Вестник Европы», А. Н. Пыпин предложил поэту напечатать его анонимно. Курочкин, как ни нуждался, ответил отказом: «Если Вы находите, что подпись моя в цензурном отношении неудобна, прошу Вас стихотворения этого вовсе не печатать».После этого перевод был все же напечатан.
Курочкин дал несколько фельетонов в «Неделю» П. А. Гайдебурова и «Новое время» О. К. Нотовича, а затем — что было ему нелегко — принужден был, в значительной степени ради заработка, помещать еженедельные фельетоны в либеральных «Биржевых ведомостях» В. А. Полетики. Курочкин сумел, однако, сохранить независимость в чуждой ему по направлению газете; в его фельетонах нет слов, написанных под диктовку редактора; в них много злых и остроумных насмешек, ряд ярких стихотворений, но они свидетельствуют вместе с тем и о душевной усталости поэта, и о трудной обстановке, в которой ему приходилось работать. Некоторое время Курочкин заведовал также театральным отделом «Биржевых ведомостей». Говоря о сотрудничестве Курочкина в этой газете, необходимо вместе с тем отметить, что с ноября 1874 г. в ней одновременно с Курочкиным начали писать еще несколько сотрудников «Отечественных записок»: его брат Николай, Н. А. Демерт, А. М. Скабичевский, А. Н. Плещеев. Некрасов давно мечтал кроме журнала получить также газетную трибуну, но все попытки в этом направлении неизменно срывались. Когда Полетика обратился к Некрасову с просьбой рекомендовать ему сотрудников, Некрасов решил использовать эту возможность. Он «послал» в «Биржевые ведомости» несколько видных писателей и публицистов с тем, что они негласно (выступая под псевдонимами) будут «проводить взгляды» «Отечественных записок» в «Биржевых ведомостях». И эта попытка не увенчалась успехом, однако в свете указанных фактов сотрудничество Курочкина в «Биржевых ведомостях» приобретает особый смысл.